《國家稅務總局關於企業合併分立業務有關所得稅問題的通知》（國稅發[2000]119號）規定：
（一）企業合併，通常情況下，被合併企業應視為按公允價值轉讓、處置全部資產，計算資產的轉讓所得，依法繳納所得稅。被合併企業以前年度的虧損，不得結轉到合併企業彌補。合併企業接受被合併企業的有關資產，計稅時可以按經評估確認的價值確定成本。被合併企業的股東取得合併企業的股權視為清算分配。
（二）合併企業支付給被合併企業或其股東的收購價款中，除合併企業股權以外的現金、有價證券和其他資產（以下簡稱非股權支付額），不高於所支付的股權票面價值（或支付的股本的帳面價值）20％的，經稅務機關審核確認，當事各方可選擇按下列規定進行所得稅處理：
1.被合併企業不確認全部資產的轉讓所得或損失，不計算繳納所得稅。被合併企業合併以前的全部企業所得稅納稅事項由合併企業承擔，以前年度的虧損，如果未超過法定彌補期限，可由合併企業繼續按規定用以後年度實現的與被合併企業資產相關的所得彌補。具體按下列公式計算：某一納稅年度可彌補被合併企業虧損的所得額＝合併企業某一納稅年度未彌補虧損前的所得額×（被合併企業淨資產公允價值÷合併後合併企業全部淨資產公允價值）。
2.被合併企業的股東以其持有的原被合併企業的股權（以下簡稱舊股）交換合併企業的股權（以下簡稱新股），不視為出售舊股，購買新股處理。被合併企業的股東換得新股的成本，須以其所持舊股的成本為基礎確定。但未交換新股的被合併企業的股東取得的全部非股權支付額，應視為其持有的舊股的轉讓收入，按規定計算確認財產轉讓所得或損失，依法繳納所得稅。
3.合併企業接受被合併企業全部資產的計稅成本，須以被合併企業原帳面淨值為基礎確定。
